สถานกงสุลใหญ่ ณ เมืองฟูกูโอกะ เปิดดำเนินการเมื่อปี พ.ศ. 2561 โดยในช่วงปีแรก มีสำนักงานชั่วคราวอยู่ใกล้กับสถานีฮากาตะ ก่อนจะย้ายมาบริเวณเขตเทนจินในปัจจุบัน โดยเป็นสำนักงานการทูตของประเทศไทยในญี่ปุ่น ลำดับที่ 3 ต่อจากสถานเอกอัครราชทูต ณ กรุงโตเกียว และสถานกงสุลใหญ่ ณ นครโอซากา โดยมีเขตกงสุลครอบคลุมภูมิภาคคีวชู จังหวัดโอกินาวะ และภูมิภาคชูโกกุ รวม 13 จังหวัด ได้แก่  ทตโตริ ชิมาเนะ โอกายามะ ฮิโรชิมะ ยามากูจิ ฟูกูโอกะ ซากะ นางาซากิ คูมาโมโตะ โออิตะ มิยาซากิ คาโกชิมะ และโอกินาวะ

สถานกงสุลใหญ่ฯ มีภารกิจหลักในการ 1) ส่งเสริมความสัมพันธ์และความร่วมมือในมิติต่างๆ ระหว่างไทย กับ 13 จังหวัดข้างต้น ทั้งด้านวัฒนธรรม การศึกษา เศรษฐกิจ และการค้าการลงทุน ตลอดจนการท่องเที่ยว ทั้งกับหน่วยงานภาครัฐ ภาคเอกชน สถาบันการศึกษา และในระดับประชาชน ผ่านการทำงานร่วมกับสำนักงานที่เกี่ยวข้องของไทยในญี่ปุ่นในนามทีมประเทศไทยฟูกูโอกะ ทั้งที่ตั้งอยู่ที่กรุงโตเกียวและนครโอซากา รวมถึงสำนักงานการท่องเที่ยวแห่งประเทศไทย (TAT) สำนักงานฟูกูโอกะ และตัวแทนส่งเสริมการค้า ณ เมืองฮิโรชิมะ และ 2) ให้บริการด้านเอกสารและงานทะเบียนแก่ราษฎรชาวไทยประมาณ 5,13  0 คนที่พำนักอยู่ในเขตกงสุล (ประมาณร้อยละ 8 ของชาวไทยในญี่ปุ่น)　ตลอดจนการให้ความช่วยเหลือและคุ้มครองชาวไทย กรณีเกิดเหตุฉุกเฉิน และการให้บริการด้านการตรวจลงตรา (วีซ่า) แก่ชาวญี่ปุ่นและชาวต่างชาติ